您好！关于您提出的问题，这里提供一个详细的解答。

首先，根据您的描述，贵公司向外地甲方开具了3%的工程款发票，金额为100万元。在工程领域，这样的发票通常是用来结算部分工程款项的。以下是您需要了解的内容：

1. **税务处理**：
- 根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定，开具发票必须按照实际交易内容进行，3%的税率可能是适用的简易计税方法或者是根据具体服务内容而定的税率。
- 开具发票后，贵公司需要按照税法规定缴纳相应的增值税。建议与专业税务人员确认，确保税务处理的合规性。

2. **发票的使用**：
- 分包商可以使用贵公司开给甲方的发票作为部分成本凭证，但需要注意的是，分包商不能直接用这张发票向甲方请款。
- 分包商应依据与贵公司的合同约定，以及他们实际完成的工程量，向贵公司请款。贵公司再根据分包合同的具体条款，决定是否将甲方的发票作为支付分包商款项的依据之一。

3. **分包商的发票**：
- 如果分包商需要向贵公司请款，他们应提供合法的成本凭证，这可能包括他们自己开具的发票。
- 分包商开具的发票应反映实际交易内容，并与贵公司支付给他们的款项相匹配。

以下是具体的建议：

- **核实分包合同**：仔细检查分包合同中关于发票开具和使用的条款，确保遵守合同规定。
- **沟通与协调**：与分包商明确发票使用的规范，确保双方在税务处理上达成一致，避免未来可能出现的纠纷。
- **咨询税务专家**：在处理发票和税务问题时，最好咨询专业的税务顾问，确保所有操作符合当前税法规定。

希望以上解答能够对您有所帮助，如果还有其他问题，请随时提问。祝您工作顺利！