首先，对于您的疑问，当您在广州市将光大银行的医保卡更换为农业银行的社保卡时，光大银行的医保卡并不会自动取消。这是因为不同银行的卡务是独立的，一张卡的更换或注销需要您主动向原发卡行申请。

以下是您需要了解和操作的步骤：

1. **农业银行社保卡领取与激活**：
- 领取农业银行社保卡后，请您及时到农行任一网点办理激活手续。
- 激活新的社保卡后，您的医保等相关功能将会转移到新卡上。

2. **光大银行医保卡取消**：
- 您需要携带有效身份证件，前往光大银行任一网点办理医保卡的注销手续。
- 在光大银行工作人员的指导下完成医保卡的注销，确保不会产生不必要的费用。

3. **注意事项**：
- 在未办理光大银行医保卡注销手续前，请确保旧卡内没有未结清的费用或欠款，以免影响您的个人信用。
- 同时，在办理过程中，请留意两个银行关于医保卡和社保卡的相关政策和规定，以免因信息不准确而造成不便。

总结：
在您成功领取并激活农业银行的社保卡后，请记得主动去光大银行办理医保卡的注销，这样才能确保两卡之间的过渡平滑，避免可能出现的后续问题。

希望我的回答对您有所帮助，如有其他疑问，请随时提问。祝您生活愉快！