消防工程师工作证明是否可以只盖分公司的章这个问题，主要取决于以下几个因素：

1. 分公司资质：如果分公司具备独立的法人资格，且从事消防相关业务，那么盖分公司的章是有效的。

2. 总公司关系：虽然分公司成立三年，但总公司已有二十几年的历史，这表明总公司有较强的实力和信誉。如果分公司是总公司的直属机构，且总公司同意使用分公司的章，那么也是可以的。

以下是一些建议：

1. 确认分公司资质：首先，你需要确认分公司是否具备独立的法人资格，是否可以独立承担法律责任。如果可以，那么盖分公司的章是没有问题的。

2. 询问总公司意见：为了确保工作证明的效力，建议你向总公司咨询，看是否可以使用分公司的章。如果总公司同意，那么这个问题就迎刃而解。

3. 工作证明内容：工作证明上应详细注明你的个人信息、工作起止时间、工作岗位和职责等，以便于相关单位或个人核实。

以下是回答的格式：

答案：一般情况下，如果分公司具备独立的法人资格且总公司同意，那么消防工程师工作证明可以只盖分公司的章。但为了确保效力，建议你先确认分公司资质并咨询总公司的意见。

希望以上回答能够帮助你解决问题。如有其他疑问，请随时提问。祝您工作顺利！