其主要职能是：
1、贯彻执行国家卫生工作的方针、政策和法规,拟定全省卫生工作的政策、法规，制订各项卫生技术标准并监督实施；
2、制订并组织实施全省卫生事业发展的总体规划和计划；研究制订全省区域卫生规划，统筹规划与协调全省卫生资源配置；制订社区卫生服务发展规划和服务标准，并指导实施；
3、制订全省卫生人才发展规划和卫生人员职业道德规范，参与组织卫生技术人员资格认定工作；
4、研究指导医疗机构改革，对卫生机构贯彻实施医疗质量和服务规范实行监督。
5、贯彻党的中医政策，坚持中西医并重的方针，推进中医药的继承与创新，实现中医药现代化；
6、依法监督管理采供血机构的采供血及临床用血质量；
7、贯彻预防为主的方针，制订社区健康教育规划，组织开展全民健康教育；研究制订对人群健康危害严重疾病的控制规划，组织对传染病、地方病和常见病、多发病等重大疾病的综合防治；
8、依据卫生法律、规章和标准，监督管理传染病防治和食品、化妆品、职业、环境、放射、学校卫生；
9、研究制订全省基层卫生、妇幼卫生工作规划和政策措施，指导初级卫生保健规划和母婴保健专项技术的实施；
10、制订全省重点医学科技、教育发展规划，组织重大医药卫生科技攻关，指导医学科技成果和新技术的普及应用。协助有关部门指导考试界工作；
11、负责省保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作。按照规定管理省直各部门有关干部的医疗保健工作；
12、组织指导医学卫生方面的政府和民间的多边、双边合作交流和卫生援外工作，组织参与国际组织倡导的重大卫生活动，组织协调我省与国际组织间的交流与合作；
13、负责全省医疗卫生单位职业道德教育、法制教育，促进卫生行业的社会主义精神文明建设；
14、遇有重大突发事件和自然灾害，在省政府统一领导下，组织调度全省的卫生技术力量协助政府和有关部门抢救伤病员，防止和控制疾病的发生、蔓延；
15、承办省政府交办的其他事项。
根据工作需要和职责范围，河南省卫生厅内设办公室、监察室、厅直机关党委、人事处、规划财务审计处、医政处、疾病控制处、卫生监督处、基层卫生与妇幼保健处、教育处、国际合作处、保健处、离退休干部工作处、应急办；河南省中医管理局内设综合处、业务处。河南省卫生厅直属单位有：省人民医院、省疾病预防控制中心、省职工医学院、省肿瘤医院、省胸科医院、省中医药研究院、省直第一门诊部、省直第二门诊部、省职业病防治研究所、省红十字血液中心、省医科院(河南省卫生厅科技办公室)、省医学情报研究所、省医学会、医药卫生报社、省医学科技发展中心、省中医药科技交流中心、省洛阳正骨医院、省卫生学校、省百泉肿瘤医院、省眼科研究所、省肿瘤研究所、省洛阳正骨研究所等22个医疗卫生单位。