基本账户有收入是否要开票，要根据实际情况。比如对方开具增值税专用发票进行抵扣，那么开基本账户就没有问题。如果对方未开具增值税专用发票进行抵扣，那么也是要按照不含税销售额计算增值税销项税额的。如果对方开具增值税专用发票进行抵扣，那么开具的增值税专用发票的进项税额就不能抵扣的。