内部控制审计是对内部控制的有效性发表审计意见，并对内部控制审计过程中注意到的非财务报告内部控制重大缺陷进行披露;财务报表审计是对财务报表是否在所有重大方面按照适用的财务报告编制基础编制发表审计意见。虽然内部控制审计和财务报表审计存在多方面的共同点，但财务报表审计是对财务报表进行审计，重在审计“结果”，而内部控制审计是对保证财务报表质量的内部控制的有效性进行审计，重在审计“过程”。发表审计意见的对象不同，使得两者存在区别，例如：(一)对内部控制进行了解和测试的目的不同在财务报表审计和内部控制审计中，注册会计师都需要了解与审计相关的内部控制，并都可能涉及测试相关内部控制运行的有效性，但两者目的不同。(二)测试内部控制运行有效性的范围要求不同在财务报表审计中，针对评估的认定层次重大错报风险，注册会计师可能选择采用实质性方案或综合性方案。(三)内部控制测试的期间要求不同首先，在财务报表审计中，针对评估的认定层次重大错报风险，如果注册会计师选择综合性方案，需要获取内部控制在整个拟信赖期间运行有效的审计证据，而在内部控制审计中，注册会计师对于基准日的内部控制运行有效性发表意见，则仅需要对内部控制在基准日前足够长的时间(可能短于整个审计期间)内的运行有效性获取审计证据。(四)对控制缺陷的评价和沟通要求不同在内部控制审计中，注册会计师应当评价识别出的内部控制缺陷是否构成一般缺陷、重要缺陷或重大缺陷。在财务报表审计中，注册会计师需要确定识别出的内部控制缺陷单独或连同其他缺陷是否构成值得关注的内部控制缺陷。(五)审计报告的形式和内容以及所包括的意见类型不同。内部控制审计报告的形式和内容不同于财务报表审计报告。注册会计师应当分别按照中国注册会计师审计准则和《企业内部控制审计指引》及《企业内部控制审计指引实施意见》的相关规定，出具财务报表审计报告和内部控制审计报告。此外，内部控制审计报告不存在保留意见的意见类型，如果内部控制存在一项或多项重大缺陷，除非审计范围受到限制，注册会计师应当对内部控制发表否定意见;如果审计范围受到限制，注册会计师应当解除业务约定或出具无法表示意见的内部控制审计报告。