华东师范大学MBA的办学历史短，所以，你的纠结也是有道理的。我的看法是这样的：
1、结合你自己的职业背景来看。华东师范大学偏文理，华东理工大学偏工科，如果你的职业背景是工科类的，那或许华东理工大学的MBA更适合你；
2、看你要什么，要名气还是要质量。名气的话华东师范大学更响，不管怎样，她是985高校，而华东理工不是。另外，华东师范大学近几年的国际化做得很不错，比如和纽约大学、里昂商学院的合作就可以窥见一斑。从合作院校来看，华东理工大学和华东师范大学相比，是不在一个档次的。
3、华东师范大学MBA的强项在人力资源管理、心理学、金融、房地产等等领域。
综合来看，如果我是你的话，我会选择华东师范大学。