非盈利性的，有很多地区的民营医院，都是用的公立医院的账务处理方法，是没有设置折旧的。一般来说，民营医院应按企业来设置会计科目。

另外，卫生这一块其实包括了医疗，卫生，行政，医院是按医疗单位来设置科目。疾控，妇幼是按卫生单位来专门设置。在《医院会计制度》中没有明确提出“折旧”的概念，但是规定按固定资产账面价值的一定比率提取修购基金，通过“专用基金、一般修购基金”进行核算。

现行制度会计处理为：在提取一般修购基金时，借：医疗支出、一般修购费；贷：专用基金、 一般修购基金。在固定资产的核算上面，现行的制度存在很多问题，据说马上要改革了。

缴纳的税种

1、对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。

2、对非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收。非营利性医疗机构将取得的非医疗服务收入，直接用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。

3、对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。

4、对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。

5、需要代扣代缴个人所得税。

6、各类应税合同、凭证，权利许可证照等应当缴纳印花税。