《刑法》规定：非法行医是指未取得医生执业资格的人行医。而卫生法律法规规定的范围就比较广：如《执业医师法》规定：一是未经批准擅自开办医疗机构行医者；二是非医师行医的个人，亦即未取得医生执业资格的人行医（同刑法之规定）或虽取得医生执业资格，但未经注册取得《医师执业证书》的人行医；三是离开注册的地点行医，超出注册的类别和范围行医。
实践中常因为主体认定上分歧，卫生部门认为应追究非法行医罪的案件得不到司法机关的支持。个人观点：取得资格不是行医的唯一条件，场所、设备、器械和医疗管理制度都是举办医疗机构的重要条件，“非法行医”应依据《执业医师法》的规定认定。
2、"情节严重"如何理解。
《刑法》规定：未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金.
实践中常常遇到两种情况：一是哪些情况属情节严重，司法解释不具体；二是损害后果与非法行医者行医行为是否存在因果关系。司法部门认为只有存在因果关系，才能追究刑事责任，处三年以上有期徒刑；而卫生部门普遍认为非法行医类似无照驾驶，不管什么情况，即使不负全责，也应负主要责任。行医行为和损害后果是否存在因果关系很复杂，需要医学专家根据病历资料、病人情况(或尸检结论)才能进行鉴定。但是对非法行医的鉴定也存在两个问题：一是医学会医鉴办只受理医疗事故鉴定申请，非法行医不属医疗事故，因此卫生部门无法受理司法部门委托的对非法行医的责任鉴定(现在司法鉴定所可以受理)；二是非法行医者往往没有任何病历资料可查，也没有尸检结论，很难给出确切的鉴定结论。
个人观点：应完善法律，参照“无照驾驶”法规，给非法行医者量刑。实践中发现即使有资格的非法行医者，因害怕被查处，绝大多数不具备场所、设备、器械条件和医疗管理规定；发生医疗纠纷后，即使无法确定因果关系，也肯定存在诊断不确实、治疗措施不力、抢救不及时、延误治疗等问题。
3、谁先受理
公安和卫生常因非法行医案的受理问题互相推诿。公安部门观点：卫生部门是行医业务主管部门，处理这些案件业务熟练，应由卫生部门先受理调查，构成非法行医罪的再移交公安部门。卫生部门观点：非法行医罪由《刑法》调整，应由公安部门先受理，特别是造成人员死亡或严重伤残的公安部门应立即受理，需要医学鉴定可以委托鉴定。
个人观点：一是重大非法行医案应有公安部门受理；二是一般非法行医案，当事人先到那个部门报案，就有那个部门先受理。