首先，作为环境科学专业的学生，你打算跨专业考研到环境工程是一个很有前景的选择。环境工程与环境科学有着密切的联系，两者在课程内容上有一定的重叠，这为你跨考提供了一定的基础。

关于考研难度，以下是几个需要考虑的方面：

1. 基础知识：环境工程考研通常会涉及一些基础科目，如数学、英语、政治等。作为环境科学的学生，你应该已经具备一定的数学和英语基础。此外，专业课方面，你需要加强对环境工程核心课程的学习，如水处理工程、大气污染控制工程等。

2. 南京大学环境工程专业：南京大学作为国内知名高校，其环境工程专业具有较高的竞争压力。从难度上来说，南京大学的环境工程专业考研难度相对较大，但也取决于你的努力程度和准备情况。

3. 跨专业难度：跨专业考研在课程设置和知识体系上可能会遇到一定的困难。但只要你提前做好规划，补充相关知识，合理安排学习时间，是有机会克服这些困难的。

以下是一些建议：

1. 提前了解南京大学环境工程专业的考研大纲和考试科目，以便有针对性地进行复习。

2. 加强与南京大学在读研究生的联系，了解他们的学习和生活情况，以便更好地了解专业特点。

3. 利用网络资源和图书馆资料，补充环境工程相关知识，尤其是核心课程。

4. 制定合理的学习计划，确保每个科目都得到充分复习。

5. 多做真题和模拟题，提高解题速度和正确率。

总结：环境科学专业跨专业考研考环境工程，特别是南京大学的环境工程专业，难度是存在的，但并非不可克服。关键在于你的努力程度和准备情况。只要你提前规划，加强基础知识学习，补充专业知识，相信你能够顺利实现考研目标。

希望以上回答能对你有所帮助，祝你考研顺利！