从劳动合同原理讲，聘用合同是劳动合同的一种，聘用合同制与劳动合同制没有本质区别。由于劳动和社会保障部、人事部职责不同，决定了劳动合同制与聘用合同制在人员的录取和管理等方面有着明显区别。
从事业单位现在尚在实行的制度来讲，即便是正在实行聘用制的事业单位，仍然要按照国家编制机构下达的编制限额聘用人员，比照公务员制度进行人事管理，提出辞职应经批准后方准辞职等。
对于实行劳动合同的用人单位，招用劳动者是自主决定的，管理是按照《劳动法》和《劳动合同法》进行的，劳动者和用人单位都可依法提出解除劳动合同，而不必经过对方批准。
在争议处理问题上，事业单位发生的是人事争议，先由人事争议仲裁委员会和人民法院处理;劳动合同关系发生的是劳动争议，由劳动争议调解委员会、仲裁委员会和人民法院处理。但现在两种争议的处理有融合之势。
劳动合同和聘用合同通常有如下几种情况：
第一种情况：如果一个用人单位同时存在劳动合同和聘用合同，往往两者是主附关系，即劳动合同是劳动者与用人单位建立劳动关系的基础，它约定了双方详细的权利、义务，劳动合同的签定表明一个单位已经正式录用了某个劳动者，双方的关系受到了劳动法律、法规的约束。而聘用合同是以所建立的劳动合同为前提的，是劳动合同的补充，聘用合同一般主要约定劳动者聘用在什么岗位、该岗位的职责、该岗位应遵守什么特殊的规定、该岗位存在何种师徒关系、何时到岗上班、何时终止师徒关系等等。如发生劳动仲裁或诉讼，则以劳动合同的约定为基础，聘用合同的约定为解释处理。
第二种情况：如果一个用人单位只存在劳动合同而没有聘用合同，往往把聘用合同的内容在劳动合同中作了约定，如发生劳动仲裁或诉讼，以劳动合同约定为依据进行处理。
第三种情况：如果一个用人单位只存在聘用合同而没有劳动合同，往往在聘用合同描述了劳动合同的内容，如发生劳动仲裁或诉讼，以聘用合同约定为依据进行处理。
第四种情况：在机关、部分事业单位，由于职工与单位建立的关系不属于劳动法律、法规调整，所以这些单位与职工之间并不签署劳动合同，而只签署聘用合同，双方发生纠纷按聘用合同约定进行人事仲裁处理。事实上合同的名称并不能决定合同的内容，无论是劳动合同还是聘用合同，只要其内容是约定劳动者和用人单位的权利、义务的，都可以作为劳动仲裁或诉讼的依据，并不会名称不同而有严格的偏废。