在清末变法修律过程中，为配合官制改革及一些新的诉讼法规的颁行，清政府也对相传已久的旧的诉讼体制和审判制度进行了一些改革，主要表现在以下两个方面：
（一）调整司法机关
自1906年实行官制改革后，改刑部为法部，掌管全国司法行政，不再兼理审判，司法与行政分开；改大理寺为大理院，为最高审判机关并负责解释法律，监督各级审判。在地方设立高级审判厅、地方审判厅和初级审判厅，形成新的司法系统。
此外，实行审检合署，在大理院和地方各级审判厅内，相应地设立各级检察厅，对刑事案件实行侦查、提起公诉、实行审判监督，并可充当民事案件的诉讼当事人和公益代理人。
（二）改革诉讼制度
主要引进一系列西方近现代诉讼原则和具体制度。
司法管辖区分民事诉讼和刑事诉讼。根据《各级审判厅试办章程》、《法院编制法》，“凡因诉讼而审定罪之有无者属刑事案件，凡因诉讼而审定理之曲直者属民事案件。”
审级上实行四级三审制。即由初级审判厅起诉者，对判决不服可逐级向地力审判厅、高等审判厅、大理院上告。
审判制度上，采取辩护、陪审和公开审理等资产阶级诉讼原则以及复审制度。
改良监狱及狱政管理。沈家本从“刑罚与监狱相为表里”的认识出发，主张在改定刑名的同时改革监督。
清末司法制度的改革，是推行“新政”与立宪活动的重要内容。但由于清朝濒临末日，加上统治者主观上的原因，没有也不可能认真加以贯彻，只是为以后北洋政府建立司法制度提供了基础。