行政事业单位内部会计控制工作中存在的问题主要包括以下几点：

1. 内部控制意识不强：
- 问题描述：部分单位领导和员工对内部会计控制的重要性认识不足，认为这只是财务部门的事情，与自己无关。
- 影响分析：这种观念导致内部会计控制制度难以得到有效执行，从而影响单位财务管理的规范性和有效性。

2. 内部控制制度不健全：
- 问题描述：有的单位内部会计控制制度不完善，或者制度过于陈旧，不能适应新的业务发展需求。
- 影响分析：这会导致会计信息失真，资源浪费，甚至可能发生舞弊行为。

3. 人员素质参差不齐：
- 问题描述：会计人员素质不高，专业能力不足，影响内部会计控制工作的质量和效率。
- 影响分析：可能导致会计处理不规范，报表信息不准确，无法为单位决策提供有效支持。

4. 监督检查不到位：
- 问题描述：内部审计和监督检查机制不完善，不能及时发现和纠正会计控制工作中的问题。
- 影响分析：监督检查的缺失会导致问题长期得不到解决，甚至恶化。

5. 信息化建设滞后：
- 问题描述：部分单位会计信息化建设滞后，手工操作仍然占据较大比例，影响工作效率和准确性。
- 影响分析：信息化程度低使得会计信息处理和传递速度变慢，增加错误发生的概率。

针对以上问题，以下是一些建议的改进措施：

- 加强内部会计控制意识的培训，提高全体员工的重视程度。
- 完善内部会计控制制度，确保制度与时俱进，适应业务发展需求。
- 提高会计人员素质，加强专业培训，提高其业务能力和职业道德。
- 建立健全监督检查机制，加强内部审计，确保会计控制工作的有效执行。
- 加快会计信息化建设，提高会计信息处理和传递的效率和准确性。

希望以上回答能对您有所帮助，如有其他问题，请随时提问。我会耐心为您解答。