根据《建设工程工程量清单计价规范》，如果在工程施工过程中出现了合同中未曾列出或没有适用及类似综合单价的新清单项目，可以按照以下步骤进行处理：

1. **合同条款审查**：首先，应仔细审查合同中关于新增项目的条款。一般情况下，合同会包含处理新增项目的机制，比如定价原则、调整方法等。

2. **与业主协商**：若合同中没有明确条款，接下来应与业主进行协商。双方可以根据工程实际情况和市场价格，协商确定新增清单项目的综合单价。

- **参考类似项目**：如果新增项目与合同中已有的项目性质相似，可以参考已有项目的综合单价进行调整。
- **市场调研**：如果新增项目完全不存在于原合同中，可以通过市场调研获取类似项目的综合单价作为参考。

3. **编制补充协议**：协商一致后，应编制补充协议，详细记录双方对新增项目的单价、工程量、计价方式等的共识，确保协议具有法律效力。

4. **工程变更程序**：根据工程变更程序，对新增项目进行工程量测算和确认，确保变更的合理性和必要性。

5. **造价调整**：在确定综合单价后，及时调整工程的总造价，确保造价的准确性。

6. **记录和签证**：所有的变更和补充协议都应有书面记录，并经双方签字确认，作为后续结算的依据。

7. **注意时效性**：任何关于新增项目的调整都应尽快完成，避免影响工程进度和质量。

通过以上步骤，双方可以公正、合理地处理工程施工过程中新增清单项目的问题。在整个过程中，保持沟通的及时性和有效性是非常重要的，以确保工程能够顺利进行。

请根据具体工程情况灵活运用以上建议，并在处理过程中保持专业和礼貌，以确保问题得到妥善解决。希望这些信息能够对您有所帮助。