中国只有两个特别行政区长官，即香港特别行政区行政长官和澳门特别行政区行政长官，《中华人民共和国香港特别行政区基本法》和《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》对行政长官行使的主要职权有相同之处，也有不同之处。具体如下：一、香港特别行政区行政长官行使下列职权：1、领导香港特别行政区政府；2、负责执行本法和依照本法适用于香港特别行政区的其他法律；3、签署立法会通过的法案，公布法律；4、签署立法会通过的财政预算案，将财政预算、决算报中央人民政府备案；5、决定政府政策和发布行政命令；6、提名并报请中央人民政府任命下列主要官员：各司司长、副司长，各局局长，廉政专员，审计署署长，警务处处长，入境事务处处长，海关关长；建议中央人民政府免除上述官员职务；7、依照法定程序任免各级法院法官；8、依照法定程序任免公职人员；9、执行中央人民政府就本法规定的有关事务发出的指令；10代表香港特别行政区政府处理中央授权的对外事务和其他事务；11、批准向立法会提出有关财政收入或支出的动议；12根据安全和重大公共利益的考虑，决定政府官员或其他负责政府公务的人员是否向立法会或其属下的委员会作证和提供证据；13、赦免或减轻刑事罪犯的刑罚；14、处理请愿，申诉事项。二、澳门行政长官行使下列职权：1、领导澳门政府；2、负责执行本法和依照本法适用于澳门的其他法律；3、签署立法会通过的法案，公布法律；签署立法会通过的财政预算案，将财政预算、决算报中央人民政府备案；4、决定政府政策，发布行政命令；5、制定行政法规并颁布执行；6、提名并报请中央人民政府任命下列主要官员：各司司长、廉政专员、审计长、警察部门主要负责人和海关主要负责人；建议中央人民政府免除上述官员职务；7、委任部分立法会议员；8、任免行政会委员；9、依照法定程序任免各级法院院长和法官，任免检察官；10、依照法定程序提名并报请中央人民政府任命检察长，建议中央人11、民政府免除检察长的职务；12、依照法定程序任免公职人员；13、执行中央人民政府就本法规定的有关事务发出的指令；14、代表澳门政府处理中央授权的对外事务和其他事务；15、批准向立法会提出有关财政收入或支出的动议；16、根据国家和澳门的安全或重大公共利益的需要，决定政府官员或其他负责政府公务的人员是否向立法会或其所属的委员会作证和提供证据；17、依法颁授澳门奖章和荣誉称号；18、依法赦免或减轻刑事罪犯的刑罚；19、处理请愿、申诉事项。