福建医学院的前身是福建省立医学专科学校。
民国26年（1937）6月创办于福州市，同年10月，福建省立医院划为该校附属医院。
民国27年6月，因抗日战争迁往闽北沙县。同年8月，定名为福建省立医学院，学制6年，毕业生授医学士学位。
抗日战争胜利后，学校迁回福州，在省立医院和高级工业职业学校旧址（吉祥山）重建校舍，医科学习年限为6年，医学专修科为5年。当时仅有基础学科教师19人，兼职教师3人。
解放前夕，基础学科仅有专任教师15人。附属医院设病床30张，有临床教师12人，在校学生294人。解放前毕业生共279人。
1949年11月，福建省人民政府接办福建省立医学院，改为福建医学院，学制5年。
1951年，除原设的医学本科专业外，增设医学专科（3年制），还附设中级卫生教育师资专修班。
到1957年，该院建立基础学科17个教研组，有基础学科教师90人，能按教学大纲开出实验课，同时有一所300张病床的附属合组医院。
1958年，该院从吉祥山迁到八一七中路西洋村新校舍，福州协和医院划为附属医院，还确定福建省立医院、福建省妇幼保健院、福州神经精神病防治院、福州结核病防治院、福州传染病院5所为教学医院，形成了一个教学、医疗、科研功能较为完整的高等考试界体系。
1959年，为适应卫生预防工作的需要，增设卫生系，招收一届学生后，于1962年停止招生。还曾举办2年制卫生干部专修科。
1962年，厦门医学院全部学生并入该院。
到1965年，学校有教师282人，其中基础学科教师171人，临床学科教师111人，教师中有正副教授和正副主任医师34人、讲师和主治医师85人，在校学生1332人。
中华人民共和国成立后至1965年，共毕业学生3207人、副博士学位研究生2名。该院先后成立放射医学、经络、肿瘤、蛇伤、寄生虫病、创伤、高气压手术治疗、血液病8个研究室（组），取得一定的科研成果，其中“高压氧手术室的建造和临床应用”，开创了中国高压氧医学的临床应用和研究。
“文化大革命”中，学校被迫停办，院领导和一大批教职工被批判、斗争，下放农村，学校资产散失严重，停止招生达4年之久，两所附属医院与学校“脱钩”，分成8组，迁到闽西、闽北8个县，破坏极其严重。
1970年，福建医学院奉命与福建中医学院合并，迁到泉州华侨大学校址，华侨大学医学系并入，改为福建医科大学。
1970年，开始招试点班学生（2年制）。
1971年，筹建附属第一医院，秋季招收3年制医学专业学生。
1972年，设医学、中医两系。
1975年，在莆田、龙岩两县举办“社来社去”班，学制2年。
1983年10月，原晋江地区第二医院划为附属第二医院。
在此期间，还举办3期在职西医学习中医班和其他短期进修班以及中级技术人员班；附设机构有制药厂、印刷厂。1977年秋，开始招收5年制本科学生。
1978年6月，中共福建省委决定福建医科大学迁回福州原址；同年11月，中医系分出复办福建中医学院。
1980年，复办卫生系。
1982年6月，恢复附属协和医院隶属关系。
同年10月，福建医科大学恢复福建医学院原名。
1984年，附属第一医院由泉州迁回福州，“福建医学院附属协和医院”正式恢复。
1996年4月，经国家教委批准，更名为福建医科大学。相应的附属医院亦更名。
2003年，福建省人民政府确定为重点建设高校；同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
2019年筹建“福建医科大学附属第三医院” 。