尊敬的提问者，关于您的问题，根据相关规定和流程，我为您做以下解答：

1. 当施工单位在施工过程中遇到地质资料未探明的坟坑井穴时，应立即停止相关区域的施工活动。

2. 正确做法是由建设单位组织勘察、设计、监理各方进行现场确认。这是因为建设单位在项目实施中承担主导责任，对于地质勘察等前期工作有组织和协调的职责。

- 勘察单位负责对未探明的坟坑井穴进行详细的勘察，确定其对工程的影响。
- 设计单位根据勘察结果，对原设计进行变更，以确保工程质量和安全。
- 监理单位负责监督整个现场确认过程，并签发变更指令。

3. 在实际施工中，施工单位应当协助并组织其余各方进行现场确认。确认后，设计单位应以书面形式下发设计变更，监理工程师签发变更指令。

4. 如果施工单位未经同意私自处理地质问题，一旦出现问题，可能无法进行索赔，因为私自处理违反了规定的流程，可能会导致责任不明确。

请注意，遵循以上流程不仅有助于保证工程质量和安全，还有助于明确各方的责任，确保在出现问题时能够顺利进行索赔。

希望以上回答能够帮助您完全理解并解决问题。如有其他疑问，请随时提问。祝您工作顺利！