可以以分包工程不合格拒绝支付全部工程款，但这需要根据具体情况和法律规定来处理。

1. 根据《中华人民共和国合同法》的规定，当一方未按照合同的约定履行义务，另一方有权请求履行或者解除合同，并有权请求损害赔偿。如果分包工程确实存在质量问题，不符合合同约定的质量标准，发包方可以要求分包方承担违约责任。

但是，拒绝支付全部工程款需要根据以下原则进行：

a. 差额支付：如果分包工程部分合格，部分不合格，发包方应按照合格部分支付相应的工程款，对于不合格部分，可以拒绝支付。

b. 修复费用：如果分包方愿意修复不合格的部分，并承担相应修复费用，发包方应在修复后支付相应的工程款。

2. 在处理分包工程不合格问题时，以下步骤需要遵循：

a. 验收：发包方应在工程验收阶段，对分包工程进行质量检查，确保工程符合约定质量标准。

b. 通知：如发现质量问题，发包方应及时通知分包方，并要求其在规定时间内进行整改。

c. 证据收集：在处理质量问题时，双方应收集相关证据，以便在纠纷解决时提供依据。

3. 注意事项：

a. 在签订分包合同时，应明确约定质量标准和验收标准，以便在发生质量问题时有明确的依据。

b. 如果分包方拒绝修复或无法在规定时间内完成修复，发包方可以拒绝支付相应工程款，并有权追究分包方的违约责任。

总之，在处理分包工程不合格问题时，应遵循法律规定，按照合同约定进行处理。在确保自身权益的同时，也要注意维护双方的合法权益。如有疑问，建议咨询专业律师。希望以上解答对您有所帮助。