您好！针对您提出的问题，我进行了详细的检索和研究。以下是关于建造师注册相关法规的两个条款的解释，希望对您有所帮助。

首先，关于第二章中提到的“申请注册之日起前三年内担任项目经理期间所负责的项目发生过重大质量和安全事故，不予注册”的规定，这是为了确保建造师在执业过程中能够严格把控工程质量和安全，避免因个人原因导致重大事故的发生。这条规定是对申请注册时的一种限制。

而在第七章第二节中提到的“重大安全事故，终身不予注册”的规定，是在强调一旦发生重大安全事故，责任人将面临极为严重的后果，即终身不得注册。

这两处看似矛盾，实则并不冲突。前者是对三年内发生事故的申请者设定的一种暂时性的不予注册的条件，而后者是对发生重大安全事故后的终极惩罚，即终身不得注册。可以这样理解：如果在三年内有发生事故，那么在满足一定条件前（比如三年后）不能注册；而一旦发生造成终身不得注册的重大安全事故，则永远无法注册。

对于您提出的第二个矛盾点，第二章中提到“因除执业外的刑事处罚自处罚决定之日起至申请注册之日止不满3年不予注册”，而第七章第二节规定“自行发执行完毕或者受处分之日起5年内不能担任任何施工单位的主要负责人、项目负责人”。

这两条规定同样不存在矛盾。前者的规定是针对个人因刑事处罚（非执业相关）导致的不予注册的条件，重点在于处罚决定日至申请注册日不满三年。后者的规定是对于被处罚人在执行完毕或受处分之日起一定年限内（这里是五年）不能担任特定职务的资格限制。

综上所述，这两个条款分别从不同角度对建造师的注册资格进行了规定，看似矛盾，实则是针对不同情况作出的不同规定。

希望我的回答能够解决您的疑惑。如果还有任何不清楚的地方，欢迎您继续提问，我会耐心为您解答。