首先，恭喜您通过了二级建造师考试并拥有三个专业资格。关于您的问题：

1. 如果您通过了一级建造师（房建专业）的考试，您是有资格申请一级建造师注册的。

2. 注册一级建造师房建专业时，通常情况下，您的二级建造师房建主专业会受到影响。根据建设部门的相关规定，同级别的相同专业建造师资格证书不能同时注册。因此，如果一级建造师房建专业注册成功，您的二级建造师房建主专业通常需要注销。

至于市政和水利两个增项专业，因为它们与一级建造师房建专业不是相同专业，理应可以保持有效，无需注销。

3. 但是，具体情况还需根据当地建设行政主管部门的规定而定。不同地区的政策可能有所不同，建议您在准备注册时，直接咨询当地的建设行政主管部门或官方指定的注册机构。

总结：
- 一级建造师房建专业通过后可以申请注册。
- 注册一级建造师房建时，通常需要注销您的二级建造师房建主专业。
- 二级建造师的市政和水利增项专业一般无需注销，但需以当地政策为准。

请您在准备注册前，务必与相关部门联系确认具体流程和要求，以确保一切顺利进行。

祝您事业顺利！如果有其他问题，欢迎继续提问。