外地企业在南通办理施工合同备案，需要准备以下材料：

1. 企业法人营业执照副本及复印件；
2. 企业资质证书副本及复印件；
3. 施工合同原件及复印件；
4. 项目负责人和技术负责人的资格证书及复印件；
5. 施工组织设计及施工方案；
6. 施工现场平面布置图；
7. 施工安全生产条件合格证明；
8. 施工单位与建设单位签订的安全生产责任书；
9. 工程项目概况表；
10. 其他相关法律法规要求的材料。

以下是办理施工合同备案的步骤：

1. 准备好上述材料，确保齐全、真实、有效；
2. 到南通市建设行政主管部门提交材料，进行申请；
3. 等待审批，审批通过后领取施工合同备案表；
4. 将施工合同备案表送至建设单位和监理单位；
5. 按照要求在施工现场进行公示；
6. 办理完毕。

注意事项：

1. 确保所有材料真实、完整、有效，以免影响备案进程；
2. 办理过程中，如有疑问，可向南通市建设行政主管部门咨询；
3. 办理时间可能因不同地区和政策有所不同，请提前做好准备；
4. 遵守施工现场安全生产规定，确保工程顺利进行。

希望以上回答对您有所帮助，如有其他问题，请随时提问。祝您工作顺利！