1、工作单位不同。心理医生一般会在医院，神经病院等机构任职，而心理咨询师一般会在工作室，咨询机构任职或兼职。
2、权限不同。心理医生一般都会有处方权，可以给患者开药，甚至使用强效镇定剂，使用强制措施限制患者的一些行为，而心理咨询师都没有这些权限，如果遇到类似这些情况，只能建议转诊。
3、级别认证体系不同。心理医生一般都会由任职的医院评定专业职称，分初级（医士，医师/住院医师），中级（主治医师），副高级（副主任医师），正高级（主任医师）。心理咨询师一般都会由任职的机构进行评定等级，一般为初级咨询师，中级咨询师，高级咨询师，资深咨询师，首席咨询师。
4、工作性质不同。心理医生多数是神经科医生，学的是神经医学，而心理咨询师学的是心理学，两者所接受的是完全不同的培训体系，所以工作中处理的病人也有本质区别，心理医生更适合处理神经病人，而心理咨询师更适合处理普通人所遇到的心理问题。
5、咨询费用不同。心理医生一般在医院的收费标准是由医院来制定，根据地域，医院的级别，以及医生的级别不同而不同，一般几十块钱就可以挂号，具体的治疗费用还要看病人的情况而定，一般精神病人都是需要住院治疗的。心理咨询师一般在心理咨询机构给来访者做咨询，咨询费用也要结合地域，咨询师经验不同而不同，一般价格在200-300元不等，大型城市600-800元甚至上千元每小时。