消防工程施工合同中若约定了总价包干，通常情况下，这个总价是在合同约定的工程范围和工程量基础上确定的。如果甲方因为某些原因要求设计变更，导致工程量减少，是否需要从结算中扣除减少的部分，主要取决于以下因素：

1. 合同条款：首先应该查看合同中是否有关于设计变更导致工程量减少如何处理的条款。如果合同中有明确的约定，则应按照合同执行。

- 如果合同中规定，无论工程量如何变化，总价不变，则结算时不应扣除减少的部分。
- 如果合同中规定，工程量减少时，应按实际减少量调整总价，则结算时应扣除减少的部分。

2. 双方协商：如果合同中未对这种情况作出明确约定，那么双方需要协商确定如何处理。协商时应考虑变更的原因、影响范围和双方的合法权益。

3. 行业惯例：在某些地区或行业，对于总价包干的工程合同在遇到设计变更时可能有特定的处理惯例，可以参考相关行业的规定或惯例。

综上所述：

- 如果合同条款和双方协商均未涉及此项变更处理，一般情况下，总价包干的合同在工程量减少时，仍应按照合同总价进行结算，不扣除减少的部分。
- 但是为了保障双方的权益，建议在合同中明确约定设计变更和工程量减少的处理方式，避免后期出现纠纷。

请提问者根据自己手中的合同内容以及实际情况，谨慎处理。如果需要进一步的法律意见，建议咨询专业律师。希望我的回答能够帮助到您！