一是审计的内容和目的不同
内部审计的内容主要是依据企业经营战略目标、单位内部的定额、计划指标及内部管理制度等，检查企业各项内部控制的执行情况、经济活动取得的经济效益等，提出各项改善措施，评价企业内部受托经济责任的履行情况等。内部审计的种类，包括财务审计、经济效益审计、经营业务审计和管理审计等。而外部审计则是依据《独立审计准则》，主要审查企业经济活动的真实性和合法性等方面，对被审单位会计报表的合法性和公允性发表审计意见，并未较多触及经济效益审计和管理审计等方面。因此，内部审计在深度和广度方面要比外部审计要求高。
二是审计的服务对象不同
内部审计人员在处理企业生产经营管理活动的问题中，充当企业管理当局的参谋和助手，并帮助各级管理人员有效地履行他们的职责，其主要的、直接的服务对象就是包括企业管理当局和董事会在内的组织内部的各级管理人员。通常，外部审计人员是受托对企业的财务会计报表进行年度审计，其服务对象是与企业利益相关的社会各界，包括股东、银行、债权人、政府和潜在的投资者等。当然，这不排除他们的意见被企业管理当局和董事会采用的情况，但这是次要的，不是其主要的使命和目的。
三是审计作用的范围不同
内部审计所发挥的作用一般仅局限于组织内部，只有当正确的审计结论和建议被采纳并及时采取改进行动时，才会产生具有建设性的实际效果。内部审计人员对生产经营管理所持的观点和看法一般不向外界透露，具有一定的保密性。而外部审计人员对财务会计报表所表述的审计意见和结论要公布于众，客观上起到了社会公正的作用，其作用的覆盖面比内部审计要广阔的多。
四是与内部控制的关系程度不同
外部审计人员的兴趣主要集中在内部会计控制，以及对会计信息的真实性和完整性有实质性影响的相关控制，而内部审计人员则对整个内部控制系统，包括内部会计控制都给予了极大的关注。而且，两者的出发点不同，外部审计人员之所以关心内部控制，是因为它们影响其设计的审计程序性质和进行实质性测试的范围，这与他们对财务会计报表发表独立意见相比是次要的。内部审计人员关心内部控制的目的在于检查和评价内部控制系统的适当性和有效性，并针对控制的缺陷提出强化控制的意见和措施。
五是审计的范围和时间不同
内部审计的范围涉及企业生产经营管理的各个领域，它既可以借助于正式的记录和文件，又可以依据非正式的记录和文件;内部审计通常对单位组织内部采用定期或不定期的审计，时间安排比较灵活。而外部审计通常是定期审计，每年对被审单位的会计报表审计一次，其审计范围主要局限于财务会计领域及其相关的内部控制系统，重点在于那些对财务会计报表的合法性和公允性有实质性影响的重大事项，它只能依赖正式的记录和文件。所以，内部审计在审计的对象范围上比外部审计要广泛，在审计时间上也更为灵活。
六是审计程序不同
内部审计的工作程序通常按照部门或经营地点来设计，会计记录和报表的审查只是其工作的一小部分，大部分时间和精力都集中在内部控制系统和工作质量的检查和评价上;而外部审计的程序一般针对财务会计报表所列项目来设计，绝大部分时间花费在核实和验证报表各项目的余额是否真实、准确、可靠，以及确认所采用的会计原则和政策是否公允。