一、政府审计、注册会计师审计与内部审计的区别
1、审计主体不同。
这是三者最本质的区别：政府审计的主体是政府审计机关，代表政府依法进行审计；注册会计师审计是由经政府有关部门审核批准的注册会计师事务所进行；内部审计则由单位内部的审计机构及人员进行。
2、开展工作的法律依据和标准不同。
政府审计主要依据《中华人民共和国审计法》和国家审准则准；注册会计师审计主要依据《中华人民共和国注册会计师法》和中国注册会计师审计准则；内部审计则依据的是《审计署关于内部审计工作的规定》和内部审计准则。
3、独立性不同
外部审计也就是政府审计和注册会计师审计的独立性较强且是双向独立，独立于授权（委托）单位及被审计单位；而内部审计的独立是相对独立，主要是独立于所审的其他职能部门，所以独立相对较弱。
4、审计方式不一样。
一般情况下，政府审计和内部审计都是授权审计，只不过政府审计的授权单位为同级政府，内部审计由单位主要领导或者其相应管理机构；而注册会计师审计主要是委托审计。
5、审计目标各异。
就内部审计而言，其主要目的是为单位内部管理服务，以加强单位内部控制、减少管理风险为其主要审计目标；政府审计是对单位的财政收支或财务收支的真实性、合法性和效益性进行审计；注册会计师审计主要是对财务报表是否按照适用的会计准则和相关会计制度编制发表审计意见。
6、审计服务的对象有别。
这是由三者实施审计的领域不同决定的。一般情况下，内部审计的服务对象为本单位主要领导及其相应管理层，为其提供有关业务工作信息并对其负责；政府审计的服务对象为同级政府及其相关管理机构；而注册会计师审计是为委托单位服务的，其报告对投资者、债权人及社会公众负责。可以说后两种审计都不是为被审计单位服务的，但其审计结果客观上会促进被审计单位管理工作的改进和完善。
7、审计的取证权限不同。
审计机关就审计事项的有关问题向有关单位和个人进行调查、取证时，有关单位和个人应当支持配合，如实反映情况、提供证明材料；但注册会计师在获取证据时很大程度上有赖于被审计和相关单位的配合和协助，对被审计单位和相关单位均没有行政强制力；而内部审计在完成工作任务时，虽然没有审计机关的行政强制性，但往往是受单位主要领导授权开展审计，配合和支持力度相对注册会计师审计要好一些。
8、发现问题的处理方式不同
审计机关审定审计报告，对审计事项做出评价，出具审计意见书；对违反国家规定的财政、财务收支行为，依法予以处理、处罚，在法定职权内做出审计决定或者向有关主管单位提出处理处罚意见。注册会计师审计过程中发现需要调整和披露的事项只能提请被审计单位调整和披露，没有行政强制力，如果被审计单位拒绝，注册会计师视情况出具保留意见或否定意见的审计报告；如果审计范围受到被审计单位或客观环境的限制，注册会计师视情况出具保留意见或无法表示意见的审计报告。内部审计在发现问题的处理上比上述外部审计要相对灵活，一切以促进单位规范管理、提高单位运行效能为基准。
9、审计结果效力不一样。
因不同的审计对发现问题的处理方式不同，所以效力也不一样。一般情况下，外部审计的效力远远大于内部审计，尤其是政府审计，因其结果要向同级政府或人大进行报告具有较强的权威性，所以倍受被审计单位重视。注册会计师审计呢？对于象监狱这样的国家机关而言，由注册会计师事务所参与的社会审计往往是财政关注的重点资金或项目，所以其结果也不能小觑。对于内部审计，因其监督的对象同属于一个领导决策层，审计的结果只对本部门、本单位负责，只能作为本部门、本单位改进管理的参考，对外不起鉴证作用，并向外界保密，效力相对较弱。
10、审计服务的有偿性不同。
一直以来，审计工作是以监督作为自己的第一面目。但是监督的目的不是拈过拿错，而是促进管理的改善和机构效能的提高，所以笔者认为审计工作的实质是一种服务。那么是不是所有的服务都是有偿的呢？不是。对于政府审计和内部审计而言，其履行职责的经费纳入财政预算（内部审计则纳入本单位预算），开展审计工作本是审计机关、内部审计机构及其审计人员的工作职责，是分内的事，所以被审计单位只需配合其完成工作任务就好，不需要单独为完成某个审计项目而付费，因而可以说是无偿的。但对于注册会计师事务所而言，审计是其生存的基本业务，审计客户是其收入的主要来源。对被审计单位而言，天下没有免费的午餐，所以这种审计往往是要付费的，是有偿的服务。
11、被审计单位的主动性不同。
对被审计单位而言，内部审计往往是自身加强风险防范的主动措施，在审计项目及其时间的选择、审计结果的运用等诸多方面较少受到外部环境的影响，因而主动性较强。而外部审计呢？政府审计由政府审计机关拟定项目计划，什么时候、审计什么项目则完全不由被审计单位说了算，因而被审计单位往往是被动接受审计，主动性较差，情绪比较紧张；注册会计师审计往往是定期审计（一般是一年一次），因其是有偿服务似乎在结果的表述方面有一定的商量，而委托人也可自由地选择会计师事务所。
二、政府审计、注册会计师审计与内部审计的联系
首先，不论是政府审计、注册会计师审计还是内部审计，都是审计工作，这是三者最本质的联系。对整个国民经济而言，政府审计、注册会计审计和内部审计三者共同构成完整的审计监督体系，相互不可替代，没有主导与从属的关系。
其次，工作的方法具有一致性。不论是何种审计，尽管依据的法律和审计标准不同，关注的重点也不尽一致，但作为审计业务操作者，不论是内部审计师、注册会计师还是注册审计师，其审计的方法大体是一致的。
第三，外部审计的结果对内部审计工作具有指导作用。通常，外部审计（不论是政府审计还是注册会计师审计）因其接触的社会面广、业务种类多，比内部审计更容易了解业内动态、掌握新的规则及其运作方式，所以其审计结果有时会起到为内部审计指点方向的作用，从而对内部审计具有较强的指导作用，特别是政府审计，其结果往往会作为一个单位内部控制不可逾越的标杆、作为单位内部审计的标准树在那里。
第四，三种审计结果可以互相参考，提高审计工作效率。通常，内部审计作为单位内部控制的重要组成部分，外部审计在对被审计单位的内部控制进行测评时，就须对内部审计的设置及其工作进行了解，还可利用内部审计结果。同样，政府审计与注册会计师审计之间的审计结果也可以互相参考，以提高工作效率。