现代风险导向审计与传统的制度基础审计相比较，主要有以下区别:
1.审计模式不同。制度基础审计模式以内部控制为核心，对控制风险的评估仅通过确定内部控制的可依赖程度、可校验程度来减少实质性测试的工作量，而对固有风险的评估常流于形式；风险导向审计模式不仅通过内部控制评估控制风险，还结合其他风险因素尤其是固有风险综合考虑，通过对企业环境、发展战略、公司治理结构等方面的评估，发现其潜在的经营风险及财务风险，并评估财务报表发生重大错报的风险，以便使审计风险降至可接受水平。
2.审计基础不同。制度基础审计以内部控制制度为基础，根据被审单位内部控制制度的健全性、可追溯性及符合性评审结果，确定实质性测试的范围和重点；风险导向审计则以风险评估为基础，对影响被审单位经济活动的多种内外因素进行评估，确定审计范围、重点和方法，其不仅重视与内部控制系统直接相关的因素，而且重视各种环境因素。
3.审计方法不同。两种审计模式都采用抽样技术，但风险导向审计是通过建立审计风险模型将风险量化。因此，相对于制度基础审计来说，风险导向审计的抽样技术是更完全意义上的审计抽样，更注重利用分析性测试方法，从而可以有效降低审计风险。