传统上,企业内部审计职能可以确定为监督、评价、控制和咨询四项。
1、监督职能。内部审计部门是企业内部一种独立的经济监督主体，其基本职能就是经济监督。监督职能是指以财经法规和制度规定为评价依据，对被审计对象的财务收支和其它经济活动进行检查和评价，衡量和确定其会计资料是否正确、真实，反映的财务收支和经济活动是否合法、合规、合理和有效，有无违法违纪和浪费行为，从而督促被审计对象遵守财经纪律，改进经营管理水平，提高经济效益。使企业自身的经营活动与国民经济和社会发展协调一致，从而实现自我完善和自我约束。
2、评价职能。所谓评价职能，就是通过履行审核检查程序，评价被审计对象的计划、预算、决策、实施方案是否先进可行，经济活动是否按照既定的决策程序和目标进行，经济效益的好坏以及内部控制制度是否健全和有效等，从而有针对性地提出意见和建议，促进企业改善经营管理，提高经济效益。
3、控制职能。内部审计人作为企业内部控制系统中一个重要组成部分，是企业内部控制的再控制，因其受企业主要负责人的直接领导，能够站在企业发展的全局来分析和考虑问题，对企业的生产经营活动实行有效控制可以提供直接的技术支持，并检查控制程度和效果，提出控制中存在的不足和问题，实现控制系统的最终目标。
4、咨询职能。内部审计机构有义务和责任对企业的各项经营活动提供政策咨询服务，将自身特有的专业优势融入到企业经营管理的各个方面，在工作中发现问题，对制度、管理和经营控制等方面有针对性地提供咨询服务，预防出现大的经营波动和管理漏洞。同时，还可以开展一些包括顾问、建议、协调、流程设计和培训等工作，为企业各管理层提供扎扎实实的服务。
国际新流行的说法是以企业增值为目标。国际内部审计师协会制定的《内部审计实务标准》(2001年修订本,以下简称《标准》)对内部审计作了新的定义:“内部审计是一种独立、客观的保证工作与咨询活动,它的目的是为机构增加价值并提高机构的运作效率。它采取系统化、规范化的方法来对风险管理、控制及治理程序进行评价,提高它们的效率,从而帮助实现机构目标。”