从内部审计的定义来看，内部审计的对象已经从过去的内部控制延展到了风险管理和公司治理领域。内部审计对风险管理和治理程序的评价可以看作是对企业内部控制评价的一种延伸。现代内部审计逐渐从内部控制层次上升到公司治理层次。首先，内部审计是现代公司治理的内在需要。内部审计关注的重点正是有效的公司治理所要求的。建立一个完善的公司治理机制能够积极地影响内部审计职能的实现，反之，内部审计可能在整个企业组织中被架空，无法发挥其评估和改善企业经济活动的作用。其次，内部审计也对公司治理目标的实现有着重要的影响。内部审计职能的实现为企业的合理决策和科学管理提供了合理保证。
从受托责任理论的观点来看，公司中客观地存在着资源所有者（委托人）和受托人之间的受托责任关系，这就要求受托人义务地向资源者解释、说明其活动及结果。公司治理就是股东、董事会对管理层，特别是对高级管理人员的受托责任是否有效履行的一种制度安排。而内部审计本身就可以被视作是一套存在于企业内部的，在受托责任系统中充当控制的一种公司治理机制。这是由于：第一，内部审计在企业各个层次的受托责任关系中发挥着重要作用，当然包括公司治理所关注的那部分股东和高级管理层之间的受托责任关系；第二，内部审计一方面履行确认与咨询职责，对企业财务信息进行保证确认活动，确保企业信息披露的真实与可靠，另一方面随着内部审计从财务审计、业务审计、管理审计发展到现如今的战略审计阶段，内部审计在增强其他非财务信息的可信性、减少信息不对称问题和评价与改善受托财务责任和受托管理责任的完整履行方面有着重要贡献，进而有利于企业代理成本的减少，最终影响企业价值。因此，内部审计作为一项内部治理制度，确实具有公司治理的作用。
从委托代理理论的观点来看，在公司的组织结构中，股东与管理层之间、股东与债权人之间、管理层与其他员工之间都存在着不同层次的委托代理关系。由于委托人和代理人目标的不一致，代理人的机会主义行为和有限理性会损害委托人的利益，代理问题就此产生。为了应对可能带来的消极影响，内部治理机制得以建立，其中心问题就是如何通过一系列行之有效的制度设计与安排，合理地解决可能产生的代理问题，最大限度地保证各利益相关者的利益。根据国内外学者的研究，有三道防线可以应对代理问题及其不良影响。第一道防线往往设立在消极影响的发生地，具体指的是各个业务单元和职能部门，相应的应对机制通常包括激励机制、制衡机制、透明机制和道德机制。第二道防线主要是应对第一道防线所遗漏的剩余影响因素，经过第二道防线，对企业目标实现产生消极影响的因素大多已经被识别和消除。第三道防线不直接应对和处理消极因素，而是为前两道防线的有效运行提供保障，防止其出现设计缺陷和执行缺陷。三道防线的有效运行离不开内部审计的支持。内部审计既可以在任何一道防线中发挥作用，也可以同时跨度三道防线，发挥其审核、确认、监督、监视功能，以减少代理问题可能产生的消极因素对企业目标实现的负面影响。从这个角度来讲，内部审计可以缩小股东与高级管理层之间的利益差距，减少代理问题发生的可能性，更好地约束经营者的行为，保证股东利益的最大化。这亦是内部审计在公司治理中的作用。