临床医学基地本科班中成绩优秀的可以直接读硕士，然后直接读博士。
2018年12月，经教育部、财政部批准首都医科大学设立“复合型高级医学人才培养创新实验区”（以下简称“实验区”）， “实验区”依托“基地”进行建设，采用创新理念进行“本—硕—博连读”的高层次医学人才培养，优秀者授予MD和PhD双博士。“实验区”以医学本科阶段为起点，组建“基地本科班”。
我校将临床医学专业“基地本科班”直接列入每年的全国普通高等学校招生计划，选拔60名优秀生源进入“基地本科班”学习，“基地班”学员在学期间按照学校关于“基地本科班”培养规定根据学生成绩和综合素质实行竞争、滚动、淘汰机制，始终保证基地班学生质量，促进拔尖人才脱颖而出。“基地本科班”优秀学员可获得免试推荐攻读硕士研究生资格。此阶段培养结束时仍择优选拔，进入博士阶段学习。