二者的侧重点不同，如果单论中医的话，无容置疑，肯定是上海中医药大学。 在教育部最新公布的全国高校学科评估排名中，由胡之璧院士、陈凯先院士、王峥涛教授领衔的上海中医药大学中药学，荣获全国高校中药学科第一。 福建医科大学近几年的发展速度也是相当快，在附件已经超过厦门大学医学院成为福建医学类第一。
综合考虑地理和环境因素来说，总体上上海中医药大学要好些，如果你对中医感兴趣更不用犹豫了。如果是西医专业，可以考虑下，二者都不是一流医学院校，再比较就看各个专业的全国排名。祝你好运！
一下是两个学校的简介，
福建医科大学
创建于1937年，其前身是福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1969年，与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院。1996年4月改为现名。
经过70多年的建设发展，学校已形成学士—硕士—博士人才培养体系和“勤奋、严谨、求实、创新”优良校风，成为一所集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学。2003年，被福建省人民政府确定为重点建设高校。同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
学校现有上街、台江2个校区，占地1300余亩，校舍建筑面积37.9万平方米。学校多次被评为福建省党建和思想政治工作先进高校、省文明学校、拾依法治校”示范校、拾校务公开”示范校、省计划生育先进单位、省卫生先进单位、省绿化模范单位和省级花园式单位等。2019年9月，学校被授予“全国教育系统抗震救灾先进集体”荣誉称号。

学校现有19个学院、部，即基础医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、口腔医学院、医学技术与工程学院、人文学院、研究生学院、海外教育学院、成人教育学院、职业技术学院、继续教育学院、第一临床医学院、第二临床医学院、协和临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、海峡学院、和体育教研部；23个本科专业（方向），即临床医学（本硕连读）、临床医学、临床医学（临床病理学专业方向）、临床医学（急救医学专业方向）、口腔医学、医学检验、麻醉学、医学影像学、临床医学(眼与视光学专业方向)、康复治疗学、预防医学、预防医学(检验检疫专业方向)、预防医学(妇幼保健专业方向)、护理学、药学、药学(临床药学专业方向)、药学(药物分析专业方向)、药物制剂、应用心理学、英语、社会工作、公共事业管理(卫生管理专业方向)、公共事业管理(医院管理专业方向)；博士学位授权点22个，硕士学位授权点59个、专业硕士学位授权点2个。目前，各类在校生20000多人，其中本科生10000多人，博士、硕士生近2000人，本科专业面向全国20个盛直辖市、自治区和港澳台地区招生。

学校现有教职医护员工5398人，其中校本部966人。在835名专任教师中，具有研究生学位占58%，高级职称占55.1%。博士生导师65名，硕士生导师482名。享受国务院特殊津贴专家100人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选5人，国家有突出贡献中青年专家4人，卫生部有突出贡献中青年专家3人，教育部优秀青年教师资助3人，教育部骨干教师资助8人，福建省优秀专家17人，“福建省百千万人才工程”人选64人，福建省高校教学名师4人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划人选28人，福建省高校创新团队2个。

学校有附属医院(含临床医学院)10所，其中9所综合性附属医院(含临床医学院) 均为三级甲等医院，即附属第一医院、附属第二医院、附属协和医院、省立临床医学院（省立医院）、福总临床医学院（南京军区福州总医院）、附属厦门第一医院附属漳州市医院、附属泉州第一医院和附属三明第一医院；附属口腔医院1 所。此外，有临床教学医院26所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络。

目前，学校有临床医学博士后科研流动站1个，科研机构65个，福建拾211”工程重点学科2个，省重点学科13个，省科技厅优先发展学科8个，学校重点学科6个，省医学重点专科6个，省领先医疗特色专业5个，省高校重点实验室3个，承担着大量的科研任务，成果显著。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。学校图书馆面积25考试界平方米，图书、资料153万册，是福建省医学图书中心馆。
“十一五”期间，我校将以党的十七大精神为指导，推进学校新一轮发展，成为办学规模适度，学科结构合理，办学层次较高，整体实力较强；以普通本科教育为主，加快发展研究生教育和长学制考试界；以医学为主，理学、管理学、法学等多学科协调发展的教学研究型省属重点医科大学，成为海峡西岸高级医药卫生人才主要培养基地、医学科学研究中心和医疗预防保健中心，跨入国内同类高校的先进行列。
上海中医药大学
创立于1956年，是新中国诞生后国家首批建立的四所中医高等院校之一。1993年上海中医学院更名为“上海中医药大学”，是全国高等中医院校中最早升格为大学的院校之一。2000年原上海医学高等专科学校并入我校。2003年为实施上海市高校布局调整规划，学校整体搬迁至浦东张江高科技园区，成为“张江药谷”的重要组成部分。

学校各类在校生有7400余人，其中博士生349人、硕士生827人、本专科生（包括高职）4671人，成人教育987人，长期外国留学生588人，短期留学生每年600余人次，境外学生占本科人数总数达13.26％。

学校设有19个二级学院及部、中心，5所附属医院，19家医教研联合体医院，14个附属及共建研究所，9个研究中心；拥有中医学、中西医结合医学、中药学3个一级学科博士学位授予权，15个博士点，23个硕士点，3个博士后流动站，博士学位授予专业覆盖全部中医药学科；本、专科专业（方向）28个；继续教育的本、专科专业9个。

1999年学校顺利通过了首批国家教育部本科教学工作优秀水平的评估，现为国家大学生文化素质教育基地、国家理科基础研究和教学人才培养基地以及中国大学生武术训练基地。是为数不多的同时拥有三个人才培养基地的高校之一。学校还拥有全国规模最大的中医药博物馆，同时也被上海市列为“十大科普基地”之一。

学校作为最早建立的高等中医药院校，50年来名医荟萃，人才辈出。首任校长程门雪是我国著名的中医学家和中医教育家，近代中国举办中医学专门学校第一人，一大批闻名海上的名医大家纷纷投身于学校的教学和临床工作之中，其中不乏孟河考试界、蔡氏妇科、徐氏儿科、顾氏外科的传人。改革开放后，被列为国家中医药管理局全国名老中医继承班导师的就有10余人，上海市人民政府命名为“上海市名中医”中90％以上为系统著名专家。在老一辈中医学家的带动下，近年来，学校又有多名中青年学术骨干进入“国家百千万人才”、“国家青年基金”、“教育部新世纪优秀人才 ”、“上海市领军人才”、“上海市医学领军人才”等高层次人才培养计划，其数量居全国中医药院校领先地位，为学校可持续发展大侠了坚实的人才基矗