主要是两个方向。工程方向制药工程本身可研究生有这个方向，化学工程或者化学工艺都可以。理论方面药理学，药剂学，临床药理，或者制药化学都很好。其实化学相关的研究方向都可以选择。我是本科制药工程考研调剂的无机化学做材料方向的，我同学也有做分析化学或者电化学催化的。还是看你自己的兴趣。我们制药工程也可以考药物化学，天然药物化学，药剂学，药理学，药物分析有的时候甚至可以考中药学，生药学，微生物与生化化学等等，因为初试好多学校考的都是我们大一大二考的，复试考一些相关的专业课等，考研这些都可以考，其实我们制药工程专业也不错，以后工程师也很不错。考研专业的选择范围很大的，您可以考个跟本科完全不相关的专业，比如金融，管理或者会计，这些专业都不错。不过制药工程感觉还可以啊，您也可以读本专业的硕士，不过要考个好学校，最好能出国留下学，这样对你以后的职业道路有很大的帮助。考研也是不容易的，要量力而行，如果你的学习一般可以选择一些低层次的高校，一般的药理学院，只要有研究生学院的，你就可以考，你也可以考中国科学院，它虽然不是大学，但是也是培养研究生的，毕竟那也是中国科学的最高等级，当然难考也是不言而喻的，祝你成功。