证书发放单位
(1)证书发放单位不同
注册设备监理工程师考试合格由各省、自治区、直辖市人事部门颁发人事部统一印制、人事部和国家质检总局用印的《中华人民共和国注册设备监理师执业资格证书》;注册监理工程师是由国家建设部、人事部统一命题和颁发执业资格证书。
考试科目内容
(2)考试科目内容不同
注册设备监理师考试是由人事部、国家质量监督检验检疫总局共同组织的考试，该考试包括如下四个科目：《设备工作监理基础及相关知识》、《设备监理合同管理》、《质量、投资、进度控制》、《设备监理综合实务与案例分析》4个科目。实行两年为一个周期的滚动管理办法，即两年内累积通过四个科目的考试，部分人员免试两科，实行一年通过。考试难度较大。
注册监理工程师考试设4个科目：《建设工程合同管理》、《建设工程目标控制》(原为：《建设工程质量、投资、进度控制》 )、《建设工程监理基本理论与相关法规》、《建设工程监理案例分析》。2020年开始，监理工程师分为三个方向，分别为土木建筑工程、交通运输工程、水利工程，并且考试时间从往年5月下旬改为9月上旬。
作用效果
(3)作用效果不同
工程质量监督就是按照国家政策、方针制定的规范、标准、法规、规程、条例进行具有行政强制能力的执法监督检查行为;而监理则是根据和业主设定的监理合同条款，按照国家统一规定的施工组织规范要求和相关技术标准为依据，对工程项目的全过程进行有效的控制。
事实上，工程质量监督属于一种政府职能，它属于一种具有强制性质的政府职能行为;工程质量监理属于一种具有委托性质的社会服务行为，它代表广大业主的利益，是对工程建设过程中实施微观管理的行为。
工作范围
(4)工作范围不同
设备监理工程师的工程质量监督权利只是限定施工阶段中的监督权利，而所采取的方式是宏观的抽查认证和阶段性检查;
监理工程师工作过程中所规定的工作范围伸缩性很大，它会因业主所委托的范围大小而发生改变，它包括整个项目的动态控制、目标规范、合同管理、信息管理、组织协调等活动。
总体来说，监理工程师和设备监理工程师二者从考核方式和工作内容来看都有明显的差异性。