您好！关于交通部水运监理工程师与建设部监理工程师港口与航道专业的业务范围区别，以下是我的解答：

1. 从资质认证来看，交通部水运监理工程师的资质由交通部门批准颁发，而建设部监理工程师（港航专业）的资质由建设部门颁发。这意味着两者在资质认证上有所区别。

2. 业务范围方面，原则上两者并没有太大区别，都涉及到港口与航道专业的监理工作。但实际上，由于行业垄断、地方保护、条块分割和经济利益等因素的影响，交通部门往往只承认自己的水运监理工程师资格。这就导致了建设部监理工程师（港航专业）在实际工作中可能无法发挥作用。

3. 具体业务领域方面，交通部水运监理工程师主要负责公路水运工程监理工作，包括港口、航道等工程项目的监理。而建设部监理工程师（港航专业）则主要从事工民建施工监理工作，涉及到港口与航道专业的部分。

4. 考试科目和要求方面，交通部监理考试分为公路与水运两类，考试科目包括监理通用课和专业课。其中，专业课可从港口、航道、机电、道路与桥梁、隧道等专业中任选一门。而建设部监理工程师（港航专业）考试内容相对较广，涵盖工民建相关领域。

综上所述，交通部水运监理工程师与建设部监理工程师港口与航道专业在业务范围上的主要区别在于资质认证和实际工作中的认可度。希望我的回答能对您有所帮助，如有其他问题，请随时提问。祝您工作顺利！