首先，上海JS监理工程师证是上海市建设行业监理专业技术人员职业资格证书，它表明持有者具备了监理工程师的职业技能和水平。以下是针对您的问题进行的详细解答：

1. 上海JS监理工程师证与中级职称的关系：

上海JS监理工程师证并不等同于中级职称。中级职称是由国家人事部门认定的专业技术职务任职资格，而上海JS监理工程师证是上海市建设行业的一种职业资格证书。虽然两者在名称和性质上存在差异，但在实际工作中，上海JS监理工程师证的持有者可以享受与中级职称相当的职业待遇。

2. 持有上海JS监理工程师证3年后是否可以报名全国注册监理工程师：

根据我国相关法律法规，报名全国注册监理工程师的条件是：具备中级职称，且从事监理工作满3年。由于上海JS监理工程师证并不等同于中级职称，所以仅凭此证无法直接满足全国注册监理工程师的报名条件。

然而，在实际操作中，部分省市可能允许持有类似上海JS监理工程师证的专业技术人员参加全国注册监理工程师的考试。为了确保您的情况符合要求，建议您咨询当地建设行政主管部门或人事考试中心，了解具体的报名政策和条件。

总结：

1. 上海JS监理工程师证与中级职称并不等同；
2. 持有上海JS监理工程师证3年后，并不能直接报名全国注册监理工程师；
3. 建议您咨询当地建设行政主管部门或人事考试中心，了解具体的报名政策和条件。

希望以上回答对您有所帮助，如有其他问题，请随时提问。祝您工作顺利！