根据您的提问，关于同时持有水利部监理工程师与建设部造价师证书是否可以在不同单位注册的问题，下面是详细的解答：

1. 根据我国相关法律法规，专业技术人员可以在不同的单位注册不同的资格证书，但需要满足以下条件：

- 所注册的证书必须是本人通过合法途径取得的。
- 注册时需遵循相关的行业规定和注册流程。
- 注册单位必须是合法成立并具有相应资质的企业或机构。

2. 针对您提到的两个证书，水利部监理工程师和建设部造价师，它们属于不同的专业领域，分别由水利部和建设部主管。

- 水利部监理工程师：主要负责水利工程项目的监理工作。
- 建设部造价师：主要负责建设项目造价的编制、审核和控制。

3. 在实际操作中，如果您想要在两个不同的单位分别注册这两个证书，需要确保以下事项：

- 了解并遵循水利部和建设部关于证书注册的相关规定。
- 确保在两个单位注册的证书所从事的工作不发生冲突，避免出现兼职、挂靠等违规行为。
- 办理注册手续时，提供真实、有效的注册材料。

4. 为了确保回答的准确性，建议您在具体操作时，联系当地相关部门或行业协会，获取最新的政策规定和指导。

总结：根据现有法律法规和政策，同时持有水利部监理工程师与建设部造价师证书的人员可以在不同的单位注册，但需遵循相关行业规定，确保注册行为合规、合法。如有疑问，请及时咨询当地相关部门。

希望以上解答能够对您有所帮助，如有其他问题，欢迎随时提问。祝您工作顺利！