在eclipse中，WEB项目的文件组织结构通常如下：

1. src目录：存放Java源代码文件。

2. WebContent目录：存放Web应用程序的资源文件，包括Web页面、CSS、JavaScript、图片等。

3. WEB-INF目录：存放Web应用程序的配置文件和一些受保护的资源。

4. lib目录：存放Web应用程序所需的jar包。

5. classes目录：存放编译后的Java类文件。

6. build目录：存放编译后的Web应用程序文件。

7. test目录：存放测试代码。

8. .project文件：Eclipse项目文件，描述项目的基本属性。

9. .classpath文件：Eclipse项目文件，描述项目的类路径。

10. .settings目录：存放项目的Eclipse设置文件。

以上是一般情况下的WEB项目文件组织结构，具体还需根据项目需求进行调整。