在数据库中找氨基酸序列、蛋白质基本性质、二级结构、结构域、三维结构可以通过以下几个常用的数据库进行查询：

1. UniProt：该数据库包含了大量的蛋白质序列和相关信息，其中包括氨基酸序列、蛋白质基本性质、二级结构、结构域、三维结构等信息。可以通过输入蛋白质的名称、ID或关键词进行查询。

2. PDB：该数据库包含了大量的蛋白质三维结构信息，可以通过输入蛋白质的PDB ID进行查询。

3. NCBI：该数据库包含了大量的生物信息学数据，其中包括蛋白质序列、基本性质、二级结构、结构域等信息。可以通过输入蛋白质的名称、ID或关键词进行查询。

4. SCOP：该数据库主要用于蛋白质结构分类和注释，包含了大量的蛋白质结构域信息。可以通过输入蛋白质的名称、ID或关键词进行查询。

5. CATH：该数据库也用于蛋白质结构分类和注释，包含了大量的蛋白质结构域信息。可以通过输入蛋白质的名称、ID或关键词进行查询。

在使用这些数据库进行查询时，需要先了解数据库的结构和使用方法，然后根据具体的查询需求选择合适的数据库和查询方式。