进行多物种的基因同源性比对可以通过使用多种软件工具来完成，如BLAST、ClustalW、MAFFT、MUSCLE等。这些工具可以将多个物种的基因序列进行比对，找出它们之间的同源性关系，从而推断出它们的进化关系和功能。

预测蛋白质等电点可以使用软件工具如ExPASy中的Compute pI/Mw工具来完成。该工具可以根据蛋白质的氨基酸序列预测其等电点和分子量。

跨膜区域的预测可以使用多种软件工具来完成，如TMHMM、SOSUI等。这些工具可以通过预测蛋白质的跨膜结构来确定其跨膜区域。

信号肽的预测可以使用软件工具如SignalP来完成。该工具可以根据蛋白质的氨基酸序列预测其信号肽的位置和性质。

二级结构的预测可以使用软件工具如PSIPRED、Jpred等。这些工具可以通过预测蛋白质的二级结构来确定其螺旋、折叠和无规卷曲等结构。