不用交！！
按照公务员招考规定，如果签了劳动合同，在企业工作，报考签必须填写申请表，申请表必须由所在单位签字同意，单位签字后，即认为是单位同意在劳动者被录用为公务员后解除劳动关系,并且放弃违约金的赔偿请求。如果单位拒绝签字，劳动者就不能报考。
但是！！你是应届毕业生，只签了三方，不是劳动合同，只是个佣工的劳动意向，无法律约束责任。
就此，你如果只是签定的是就业协议，则不必理会，因你无构成违约的资格与要件。
另：如是有劳动约定合同的，除兵役外，其他均需征求意见，但升学与特别情形的可以单方告知约定方，该特别情形未特别约定有公务员录取。
PS:我们学校三方协议上有写的很明白，考上研究生和公务员的都不用交违约金，更不会影响你录用
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这个问题据说好多人就是为了省麻烦就交了钱，但其实相关还是有法律保障的，你应该问问有关部门，咨询下劳动部门劳动法，或者有没有学法律的朋友。。其实这要看你违约金的多少，要是一两千不多交了就算了，公务员还是很难得的，要是上了5000，就问清楚比较好。