在中国，司法机关指人民法院、人民检察院两大类。
人民法院是国家审判机关，依法公正行使国家审判权。中华人民共和国设立最高人民法院、地方各级人民法院和军事法院等专门人民法院。地方各级法院主要指省高级人民法院、中级人民法院、基层人民法院。
人民检察院是国家的法律监督机关，依法严格行使国家的检察权。中华人民共和国设立最高人民检察院、地方各级人民检察院和军事检察院等专门人民检察院。地方各级检察院包含省级人民检察院、市级人民检察院、基层人民检察院。
公安机关是人民政府的重要组成部分，是国家的行政机关，同时它又担负着刑事案件的侦查任务，在履行刑事侦查职能的时候，公安机关可以被认为是司法机关的一部分，在行使行政职能时则不属于司法机关。
国家安全机关、监狱侦查部门、军队保卫部门等其他负有刑事侦查权的机关在进行刑事诉讼的过程中其角色同公安机关。