医疗事故鉴定与医疗过错司法鉴定的区别有如下几点：
1、鉴定的机构不同。事故鉴定是各地医学会承担，医疗过错司法鉴定由有资格的司法鉴定机构承担，上海就有一家比较权威的机构。
2、医疗事故鉴定有两级，地级市医学会鉴定后，如果当事人不服的，可以向省级医学会申请第二次鉴定，但司法鉴定则无这样的层级区别。如当事人不服，则可以另行委托其他有资质的机构重新鉴定。
3、公信力有差异：医学会由于是在兼职在当地卫生局的学术组织，可以说是卫生局的婢女，自然要偏向其属下的医院。公信力当然要差一些。司法鉴定的机构则和医院没有那么的瓜葛，偏心的情况可能会少一些。
4、性质上不同。医疗事故鉴定基本上是技术鉴定。司法鉴定则是独立的专业机构所做鉴定，如果其鉴定行为违法并造成当事人损失的，依法要承担赔偿责任。但医学会基本上没有能力承担赔偿责任。
至于其利弊，如果患者是死亡或伤残的损害结果，医疗事故按照原《医疗事故处理条例》来确定赔偿标准的话，受害人所得的赔偿大大少于医疗过错损害赔偿，差别太大了。至于上海市是否还有其他的规定，我不清楚。应该不会有很大的差别。