区别：
专业型是以培养工作能力为主，学术型是培养科研能力为主，以前的培养类型都是学术型的，但是从09年开始国家鼓励考生报考专业型硕士。有些专业型硕士只有毕业证，没有学位证，但是一部分特殊的专业是双证都有，比如说医学。本科是毕业证比学位证重要，但是硕士和博士却是学位证比毕业证重要。具体情况具体考虑，如果你想增强自己的工作能力建议你选择专业型硕士；如果你想在所学的领域有所研究创新可以选择学术型硕士
学术型硕士：
中国实行的学位教育主要分为：学术型学位（学术理论研究）或专业型学位（注重操作实际能力）两种教育并轨。中国学术型学位按招生学科门类分为哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、军事学、管理学、艺术学13大类，大类下面再分为88个一级学科，88个一级学科下面再细分为300多个二级学科，同时还有招生单位自行设立的760多个二级学科。
中国实行的学位教育主要分为：学术型学位（学术理论研究）或专业型学位（注重操作实际能力）两种教育并轨，但一直以来，更偏重学术型学位教育，而少注重专业型学位教育，所以很多学术型学位研究生毕业后，只能大谈阔论，能理论能研究，但操作能力差。为了与世界上学位教育接轨，因此增加专业型研究生教育。
在每年的10月联考中，录取的都是专业型学位研究生，但那毕业后，只有专业学位证，而没有毕业证书，只有参加1月份全国统考后，才有毕业证和学位证。其实每年1月统考中，早就有全日制专业学位研究生（注重操作能力型学位）如法律硕士等，但专业太少。
随着2010年的政策改革，全日制专业硕士研究生得以扩招，所以专业就增加不少。有法律硕士、社会工作硕士、教育硕士、汉语国际教育硕士、翻译硕士、风景园林硕士、军事硕士、建筑学硕士、兽医硕士、临床医学硕士、会计硕士、口腔医学硕士、农业推广硕士、体育硕士（除竞赛组织方向）和工程硕士（除项目管理方向）。
2010年1月教育部对研究生结构进行了调制，在2009年总硕士研究生人数不变的基础上，2010国家减少学术型硕士3.8万名，增加专业型硕士3.8万名。并且计划往后几年继续减少学术型硕士，减少的名额用以增加全日制专业型硕士，往后几年达到全日制专业型：全日制学术型=7：3。读完硕士阶段就毕业的学子读专业型硕士更有帮助，而学术型硕士今后只会供给打算继续读博士的学术型人才做中间跳板用。
证书异同：硕士研究生毕业证相同，学位证书设计相同，但授予学位类型不同（学术型学位和专业型学位）。
专业型硕士：
专业硕士是中国研究生教育的一种形式。根据国务院学位委员会的定位，专业学位为具有职业背景的学位，培养特定职业高层次专门人才。目前专业硕士学位主要包括：工商管理硕士专业学位(MBA)、公共管理硕士专业学位(MPA)、工程硕士（ME）、法律硕士(J.M)、会计硕士专业学位(MPACC)、公共卫生硕士专业学位(MPH)、农业推广硕士专业学位、兽医硕士专业学位、教育硕士专业学位、艺术硕士、体育硕士、风景园林硕士等。
专业型硕士是中国研究生教育的一种形式，根据国务院学位委员会的定位，专业学位为具有职业背景的学位，培养特定职业高层次专门人才。 专业型硕士教育的学习方式比较灵活，大致可分为在职攻读和全日制学习两类。比较简单的区分办法是：在职人员利用业余时间进行学习，专业学位考试界常在每年的10月份进行，名为“在职人员攻读硕士学位全国联考”，简称“联考”；招收全日制学生的专业学位考试与每年年初举行的“全国硕士研究生统一入学考试”(简称“统考”)一起举行。
由于2009年以前的学术型硕士跟不上发展的需要，硕士研究生是学术型的课程但是大部分却是不读博士出去找工作，大部分的单位都反映学术型硕士专业技能太差，又没有什么学术研究能力，学术研究型项目其实只能由博士来做，而所谓的学术型硕士根本没有什么学术研究能力，工程研究能力也弱。教育部觉得形势严峻，作出硕士研究生主要面向应用的决定，推出了“全日制专业型硕士”作为一种全新的研究生形势，并且从2010年开始减少学术型硕士，减少的名额用以增加全日制专业型硕士，最终达到专业型：学术型=7：3，全日制专业型硕士重点培养工程研究能力强的应用型硕士，而学术型硕士专门供给打算继续读博士的学术研究型人才和当教师的人才做中间跳板用。