1、完善内部控制环境
①强化管理者的内部控制意识，强化管理者的内控意识及高层的控制职能；
②提高制度执行者的态度和素质；
③加强全体员工道德修养和内部控制制度教育；
④建立与企业性质及规模相适应的管理宗旨、经营方式、组织结构和企业文化等。
2、建立健全存货内部控制制度
①不相容职务相互分离控制
②存货采购内部控制
首先，是建立健全存货采购的计划、合同的订立和审批制度。采购材料、商品及其他物资业务必须按计划申报程序进行，各种职能活动应当指派给不同的部门或职员来完成。应由采购部门根据企业生产经营的计划和材料请购单编制采购计划，提出具体的采购计划，经主管计划的负责人审核后报主管领导审批。企业采购大宗材料、商品及其他物资，应与供货单位签订合同，以加强双方责任控制，保证按期、按质、按量发货。
③存货领用内部控制
首先，是存货领用审批内部控制。存货领用应制定定额，同时经批准才能进行。领用的材料应有工艺部门核定消耗定额，属于间接费用的消耗、修理用料等，应编制计划或核定费用定额，生产部门根据计划、定额填制限额领料单向库房领料。存货领用须经部门负责人审批签字。其次，是存货发出内部控制。应保证存货领用无误，手续齐全。仓库保管要审核领料单，双方要检查数量和质量，并签字或盖章。材料发出后，保管人员要按计划价格标明金额，登记材料卡片，并转材料记账员记账后随发料汇总表定期送往财务部门。然后，是存货领用核算内部控制。应保证存货领用业务记录真实，领发无误。要求仓库保管员发货后及时登记存货台帐；财会部门根据材料记账员的发料汇总表按用途汇总分配，汇总领料单，分摊材料成本差异，分类制证，登记有关账务。最后，是存货领用内部稽核。应保证存货安全，记录正确。由内部稽核人员审核领料单，核对收发凭证和存货台帐，检查收发记录和结存余额，查看存货的领用会计核算是否准确。
3、建立建全企业存货内部审计制度
内部审计是经济监督的再监督，是内部控制的组成部分之一，是企业改善经营管理，提高经济效益的自我需要。有些中小企业没有条件无法单独设置内部审计机构，可在财会部门设置审计人员，单独从事内部审计业务。为保证审计人员的独立性，内审人员应直接对企业最高领导层负责。有些有条件的中小企业单独设置内部审计机构，但实施的效果仍不理想。因此应该建立健全企业存货内部审计制度，使之得到有效实施。要确保内部控制制度被切实地执行且执行的效果良好，内部控制过程就必须被施以恰当的监督，通过监督活动在必要时对其加以修正。企业应当重视内部控制的监督检查工作，建立和完善内部审计监督体系，并由专门机构或者指定专门人员具体负责内部控制执行情况的监督检查。同时，为确保内部审计监督作用的发挥，促进内部控制的严格执行，必须加强对内部审计机构和人员的管理，提高审计人员的素质，并赋予他们一定的独立权限，以确保审计的独立性、客观性。良好的内部控制制度应包括独立于企业其他部门的内部审计制度，内审部门负责审查各项内部控制制度的执行情况，并将审查结果向企业董事会或最高管理当局报告。内部审计工作越仔细，内部控制制度越健全，企业就越能有效地实现预期的控制目标。
4、加强全体员工培训，提高存货内部控制行为主体素质
中小企业员工整体素质较低，中小企业员工大多数是靠人情关系进入企业，员工和管理者之间多半是亲戚或者朋友关系，这使得企业的内部控制被绑住了手脚严重影响了内部控制的有效实施。因此，企业应要打破任人唯亲的人才管理模式，大胆选用德才兼备的员工充实存货内部控制的关键岗位，形成育人、用人、留人的现代人力资源管理机制。而且还应结合自身实际，建立切实可行的员工培训机制，只有当企业中的每一个员工目标明确，观念趋同，内部控制才能更有实效。企业应定期对员工进行内控知识的教育，使每一个员工都有企业再小都应在内部控制制度的约束下开展经营活动的观念；使每一个企业员工都要有内部控制制度的概念和意识，知道自己的一举一动都要受到内部控制制度的牵制和约束。只有将内部控制制度作为企业发展的一剂良药在中小型企业内深入人心，建立起良好的内控执行环境，才能使广大中小企业在内控的保护下健康、茁壮成长。
5、强化监督，增强内控意识
企业有效的内部控制制度能否起到它应有作用，关键要加强监督，督促实施。一是定期组织员工学习各种内控制度，通过查漏洞，定措施，促使广大员工在自觉参与中强化内控制度观念。二是严格落实各项内控制度，对违反规定的行为进行严肃处理。三是企业管理层要以身作则，积极参与，真正把内控制度落到实处。只有这样，才有利于监督企业设计、实施内部控制体系，及时发现内部控制的疏漏，并逐步加以改革和完善。