首先，遇到二级建造师注册时公司名称与报考时所填写的不一致的情况，不必过于担心，可以按照以下步骤进行处理：

1. 查明原因：首先确认不一致的原因，是因为公司名称变更、报考时填写错误，还是其他原因。

2. 准备材料：根据不一致的原因，准备相应的证明材料。例如，如果是因为公司名称变更，需要提供公司名称变更证明；如果是因为报考时填写错误，需要提供报考时的错误信息及正确信息的证明。

3. 联系报考机构：及时与报考机构取得联系，说明情况，并提供相关证明材料。

4. 提交申请：根据报考机构的要求，提交修改公司名称的申请。一般来说，需要填写申请表，并附上相关证明材料。

5. 等待审核：提交申请后，耐心等待报考机构审核。审核通过后，会将正确的公司名称更新到注册信息中。

6. 注意事项：在处理过程中，务必保持与报考机构的沟通，确保了解审核进度及所需补充的材料。

以下是针对该问题的几点建议：

1. 仔细核对信息：在报考和注册过程中，务必仔细核对公司名称等关键信息，避免类似问题发生。

2. 及时处理：发现问题后，及时与报考机构联系，按照规定流程处理，以免影响注册进度。

3. 保留证据：保留与报考和注册相关的所有证明材料，以备不时之需。

4. 遵守规定：在整个处理过程中，遵循报考机构和相关部门的规定，确保注册顺利进行。

总之，遇到二级建造师注册时公司名称与报考所填写的不一致的情况，请保持冷静，按照上述步骤进行处理，相信问题会得到妥善解决。祝您注册顺利！