首先，对于您中专电子专业背景且有三年的水电安装工作经验的情况，考二级建造师是一个很好的提升自己职业资格的途径。以下是关于您所提到两个专业方向的一些分析，希望对您的选择有所帮助：

1. 机电工程：

机电工程专业的二级建造师，主要涉及工业和民用建筑的电气、给排水、暖通、空调、消防等机电设备的安装及调试。由于您有电子专业背景，这一专业与您的电子知识有一定相关性。

优势：
- 与您的水电安装工作经验相结合，有利于考试和未来工作发展。
- 机电工程的应用范围较广，就业市场相对较大。

2. 水利工程：

水利工程专业的二级建造师，主要从事水利工程的建设、施工和管理。这个专业与您目前的水电安装工作更贴近。

优势：
- 直接与您目前的工作经验相关，有利于您在考试中发挥实际工作经验的优势。
- 如果您对水利工程有浓厚的兴趣，选择这个专业会更有动力。

综合考虑，建议如下：

- 如果您对机电工程感兴趣，并愿意拓展自己的专业知识范围，可以选择机电工程专业的二级建造师考试。
- 如果您想在现有工作经验的基础上进一步提升，且对水利工程有较强兴趣，选择水利工程专业的二级建造师考试会更为合适。

请根据自身的兴趣、职业规划以及对未来市场的预期来做出选择。考试之前，请务必详细了解考试大纲，做好充分准备。祝您考试顺利！