二级建造师申请注销程序主要包括以下步骤：

1. 准备材料：
- 《二级建造师注销申请表》
- 注册证书原件及执业印章
- 符合《注册建造师管理规定》第十六、十七条所列情形之一的证明复印件

2. 受理、初审：
- 提交网上信息至主体部门：区（县）住建委。
- 确保所有复印件加盖企业公章。
- 初审时限：5个工作日。

3. 复审、备案注销：
- 复审主体：市住房城乡建设委行政综合服务大厅人员资格窗口。
- 复审材料与初审相同，需确保材料齐全，企业公章齐全，区（县）住建委数据已提交，申请表已签字盖章。
- 备案注销：材料移交注册中心在网上备案注销。
- 复审及备案注销时限：5个工作日。

4. 登录中国建造师网站操作：
- 点击二级建造师注册系统，选择对应省份，登录个人版。
- 在注册建造师变更、增项、注销等登录入口填写个人信息，使用原始密码（7个0）。
- 点击左侧目录中“注销注册”选项，填写相关信息并保存。
- 企业版操作：登录企业版，点击“注销注册”，审查并上报。

5. 注销时间：
- 网上查询到注销信息的时间大概需要一个月左右。
- 实际注销程序可能仅需两天，但需走程序，可能会因跑程序而耗时较长。

请注意，以上步骤和时限可能因地区差异而有所不同，建议提前与当地住建委或相关部门沟通确认。希望这些信息能帮助您顺利办理二级建造师注销手续。如有其他问题，请随时提问。祝您办事顺利！