首先，对于二级建造师资格证书被单位扣留的问题，通常情况下，如果证书还没有注册，那么补办流程会相对简单一些。以下是针对这一问题的解答：

1. 根据我国相关法律法规，二级建造师资格证书是个人职业资格的证明，但单位可能会因为合同或其他原因暂时扣留该证书。

2. 如果资格证书还未注册，持证人可以向原证书颁发机构申请补办。通常情况下，补办流程可能需要以下步骤：
- 向原证书颁发机构提交书面申请，说明原证书遗失或被扣情况。
- 提供个人身份证明以及原证书的相关信息，如证书编号等。
- 遵循原证书颁发机构的要求，可能需要登报声明原证书作废等。

3. 关于是否可以不通过原单位自行补办，这取决于原单位的态度及合同规定：
- 如果合同中没有明确规定必须在单位协助下才能补办，那么理论上持证人可以自行向发证机构申请补办。
- 如果单位因合同或其他原因拒绝配合，建议先与单位沟通，尝试协商解决问题。
- 如果协商无果，可以咨询法律专业人士，根据具体情况寻求法律途径。

4. 在处理这类问题时，请注意以下事项：
- 保持沟通的礼貌和耐心，尽量避免与单位产生不必要的冲突。
- 了解并遵循相关法律法规，确保自身权益不受侵害。
- 保留与单位沟通的记录及证据，以备不时之需。

综上所述，二级建造师资格证书在没有注册的情况下，理论上可以自行向原证书颁发机构申请补办。但在实际操作中，还需考虑与原单位的关系及合同约定，尽量通过友好协商解决问题。希望以上解答能够帮助到您。如有其他疑问，请随时提问。