首先，如果您的二级建造师执业资格证书在原单位注册后您离职了，而证书无法从原单位取回，这确实是一个棘手的问题。以下是一些建议帮助您解决这个问题：

1. **沟通协商**：首先，与原单位进行沟通。尝试以友好和平的方式进行协商，了解原单位扣留证书的具体原因。如果是误会或者流程上的问题，及时沟通往往能最快解决问题。

- 提示：在沟通时，尽量保持礼貌和耐心，以便达成共识。

2. **了解相关政策**：您需要详细了解相关的行业规定和流程。根据我国相关法律法规，执业资格证书是属于个人所有的，即便是在单位注册，也应该由个人持有。

3. **行政程序**：如果原单位无理拒绝归还，可以考虑以下步骤：

- 联系注册地的建设行政主管部门，说明情况，并按照他们的指引进行下一步操作。
- 准备必要的材料，如身份证明、离职证明、执业资格证书等，以便进行申诉或变更注册。

4. **法律途径**：如果上述办法不能解决问题，您可能需要考虑通过法律途径。可以咨询专业律师，了解自己的权益，并考虑提起民事诉讼。

- 注意：采取法律手段之前，请确保已经尽了一切和平解决问题的努力。

5. **变更注册**：如果原单位同意归还证书，但需要您办理变更注册手续，您应当：

- 按照当地建设行政主管部门的规定，准备相应的材料。
- 到指定的注册机构提交变更注册的申请。

总结：

在处理此类问题时，关键是要保持冷静和理性，通过合法合规的途径来维护自己的权益。同时，合理的沟通和协商是解决问题的第一步。如果遇到困难或不明白的地方，及时咨询专业人士的意见。

希望上述回答能够帮助到您，祝您早日解决这个问题！