二级注册建造师办理注销，应先从网上个人系统申请注销并上报企业，然后由企业系统上报市级，之后企业负责二级建造师工作人员需将注销申请表（网上上报后自动生成，打印3份）以及企业出具的同意注销的相关证明、个人注销声明、注册建造师的注册证书和注册印章报送到主管部门，再有市级主管部门统一报送省级主管部门审核。市直企业直接报送烟台市住房和城乡建设局行业发展科，各县区企业报送所属县市区主管部门。
申报程序步骤如下：登录个人用户→点注销注册，上报企业
登录企业用户→点注销注册，选择人员点上报市级，打印申请表
步骤二：提交以下书面申请资料。
1、《二级建造师注销注册申请表》；
2、二级建造师注册证书及执业印章原件、复印件；
3、符合《注册建造师管理规定》第十七条所列情形之一的证明原件、复印件。
聘用企业将《申请汇总表》、申请人的申请表一式二份和附件材料一式一份报市级建设行政主管部门。
需注意的几个问题：
（一）申请人的申请表必须是在当地二级建造师注册管理系统上申报成功后，通过网上打印的带有条形码的申请表，否则不予受理。
（二）取得二级建造师临时证书的人员，同样可以申报注销注册。
二级建造师注销注册不收取费用。
二级建造师单位变更及注销手续规定
一、变更注册单位
注册周期：有效期为3年
组织管理：省、自治区、直辖市建设行政主管部门
申请时间：初始注册期满
变更注册条件：在注册有效期内，注册建造师变更执业单位，应当与原聘用单位解除劳动关系，并按照相关规定办理变更注册手续，变更注册后仍延续原注册有效期。
所需资料：
（一）注册建造师变更注册申请表；
（二）注册证书和执业印章；
（三）申请人与聘用单位签订的聘用合同复印件或有效期证明文件；
（四）工作调动证明（与原单位解除聘用合同或聘用合同到期的证明文件、退休人员的退休证明）。
注：以当地相关部门所需资料为准。
受理程序：
对申请变更注册、延续注册的，省、自治区、直辖市人民政府建设主管部门应当自受理申请之日起5日内审查完毕。国务院建设主管部门应当自收到省、自治区、直辖市人民政府建设主管部门上报材料之日起，10日内审批完毕并作出书面决定。有关部门在收到国务院建设主管部门移送的申请材料后，应当在5日内审核完毕，并将审核意见送国务院建设主管部门。
法律责任：
违反《注册建造师管理规定》（第三十六条），未办理变更注册而继续执业的，由县级以上地方人民政府建设主管部门或者其他有关部门责令限期改正；逾期不改正的，可处以5000元以下的罚款。