首先，针对您提出的问题，“12月31日甲公司公允变动不应该是4000吗？”这个问题需要基于具体的财务情况来判断。通常，公允价值的变动是由所持投资标的的市场价格变动而引起的，并非固定数值。所以，是否为4000需要依据以下两点：

1. 投资的原始成本；
2. 12月31日该股票的市场价格与原始成本之间的差额。

如果按照这两个因素计算的结果是4000，则公允价值变动确实是4000。

接下来，关于“甲公司购买的股票相关税费不是应该记入应交税费吗？怎么记入投资收益呢？”这个问题涉及会计准则的具体应用。

按照国际财务报告准则（IFRS）和中国企业会计准则（ASBE），股票购买时的相关税费（如印花税等）通常以下两种处理方式：

1. 如果购买股票的相关税费直接与购买行为相关，则这部分费用应当计入投资的初始确认成本。也就是说，税费加到购买股票的总成本中，作为该投资的成本基础，并不单独记入“应交税费”。

2. 如果税费与购买行为不直接相关，比如是一些行政性或非必要的费用，那么这些费用应当计入当期损益，即记入“管理费用”或其他相应科目，而非“应交税费”。

至于为何有时会记入“投资收益”：

- 在某些情况下，如果税费是因为出售股票而产生的，那么这部分税费会直接从出售股票获得的收益中扣除，并反映在投资收益的金额中。

以下是详细的会计分录示例：

**购买股票时的会计处理：**
借：长期股权投资（或交易性金融资产/可供出售金融资产）
贷：银行存款（含税费）

**出售股票时的会计处理：**
借：银行存款（实际收到的金额）
投资收益（相关税费）
贷：长期股权投资（或交易性金融资产/可供出售金融资产）
投资收益（差额，可能是贷方也可能是借方）

希望以上的解释能够帮助您理解这个问题。若还有其他疑问，请随时提问，我会耐心为您解答。